上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心感染二科是上海市公共衛生臨床中心重點建設科室。肩負著收治傳染性疾病（瘧疾、登革熱、傷寒、感染性腹瀉、腎綜合癥出血熱、麻疹等）的任務。同時也承擔著一些新發傳染性疾病的診治工作。還在中樞神經系統感染、感染性發熱等各類感染性疾病的臨床和科研中取得突出成就。尤其是在中樞神經系統感染疾病診治方面，積累了豐富的臨床經驗, 形成了一套科學嚴謹的診斷思路和個體化治療方案。

感染性疾病（包括所有的法定傳染病）的診治，包括中樞神經系統感染、肺部感染等。科室除收治法定傳染病之外，主要收治腦膜炎、神經梅毒等病患。